До революции Комарицкий Николаевский приход включал в себя 58 деревень. По данным на 1909 год, в них насчитывалось 769 дворов с населением 4494 человека, и по экономическому состоянию он относился к числу самых устойчивых и сильных в округе. История прихода уходит корнями в глубокую старину, так как Комарица является одним из древнейших поселений края. Строительство церкви было начато по благословению Великоустюжского и Тотемного Иоанна 13 марта 1778 года. Поводом для этого стал пожар, который в 1772 году истребил приходскую деревянную Афанастевскую церковь постройки 1750 года. Устоявшая в пожаре вторая деревянная Николаевская церковь была очень древней и ветхой. Это и побудило прихожан принять на сходе решение о строительстве новой церкви. Церковь строилась «тшанием и усердием прихожан», с помощью состоятельных людей из-за пределов прихода. Все организационные работы осуществлялись местным приходским священником Симеоном Михайловым и церковным старостой Василием Кузнецовым. Церковь строилась 8 лет, основные работы закончены в 1781 году, после чего велись внутренние отделочные работы. Церковь строилась как двухэтажная и трехпрестольная: на втором этаже престол во имя святителя Николая Мирликийского чудотворца, а на первом — престол, посвященный Рождеству Пресвятой Богородицы. С северной стороны храма, ближе к алтарю, одновременно строился придел во имя Святейшего Афанасия Патриарха Александрийского, который был освящен 4 февраля 1783 года. В 70-х годах XIX столетия, с северной стороны храма, ближе к колокольне, был пристроен второй придел, престол, в котором был освящен в 1876 во имя Святой Мученицы Параскевы. С этого времени Комарицкая церковь стала четырехпрестольной. По данным на 1830 год, при церкви значатся: священник, диакон, дьячок и пономарь, то есть полный клир. В ночь на 21 декабря 1888 года сильная буря сорвала с церковной паперти железную крышу и поломала все стропила, повреждения были сразу устранены. В 1932 году церковь упразднена, здание церкви закрыли, растащив при этом наиболее ценную утварь. В ней разместился колхозный склад. В разные времена предпринимались попытки разобрать храм на кирпичи, но древняя монолитная кладка оказалась столь прочна, что из этого ничего не вышло. В 1966 году экспедиция Государственного Русского музея при обследовании церквей Котласского района в Николаевской церкви обнаружила уникальную икону конца XV века «Чудо Архангела Михаила в Хонех» в ужасающем состоянии. Икона была вывезена из Николаевской церкви и после реставрации находится в Государственном Русском музее. Последние годы церковь была заброшена, подвергалась разрушению. С 2010 года в церкви велись реставрационные работы, которые в настоящее время приостановлены.